Metody analizy aktywności katalitycznej i projektowania biokatalizatorów oparte na teorii oddziaływań międzycząsteczkowych - Dolnośląska Biblioteka Cyfrowa

Przejdź do menu głównego
Przejdź do wyszukiwarki
Przejdź do treści
Przejdź do stopki

Metody analizy aktywności katalitycznej i projektowania biokatalizatorów oparte na teorii oddziaływań międzycząsteczkowych

Pobierz

Opis
Informacje

Tytuł: Metody analizy aktywności katalitycznej i projektowania biokatalizatorów oparte na teorii oddziaływań międzycząsteczkowych

Tytuł odmienny:

Methods of analisis of catalytic activity and biocatalyst design based on theory of intermolecular interactions

Autor:

Współtwórca:

Sokalski, Wacław Andrzej. Promotor

Abstrakt:

Przedmiotem rozprawy jest rozwój metodologii pozwalającej ocenić wpływ mutacji na aktywność katalityczną, co ma znaczenie zarówno w procesie projektowania nowych biokatalizatorów, jak i analizy aktywności katalitycznej enzymów. Prezentowane podejście, nazwane oddolnym (ang. bottom-up), bazuje na hierarchii metod obliczeniowych zdefiniowanej przez teorię oddziaływań międzycząsteczkowych w ujęciu perturbacyjnym. Zasadniczą cechą przyjętej strategii jest jej głębokie zakorzenienie w metodologii ab initio, a także możliwość systematycznego prowadzania kolejnych przybliżeń bądź poprawek, zależnie od złożoności obliczeniowej konkretnego zagadnienia. Przeciwstawiona ona jest konwencjonalnym podejściom odgórnym (ang. top-down), w których główny nacisk położony jest na uchwycenie jak największej liczby zjawisk występujących w badanym układzie (jak np. duża eksploracja przestrzeni fazowej), najczęściej za cenę wprowadzania szeregu empirycznych parametrów, co ogranicza zdolność takich modeli do ekstrapolacji opartych na nich przewidywań. Rozdział pierwszy opisuje historię badań nad źródłami katalitycznej mocy enzymów oraz ich projektowania. Stanowi on przegląd zdobytej na przestrzeni ostatnich kilku dekad wiedzy, z uwzględnieniem najnowszych prac naukowych. Określone są tam także główne słabości stosowanych dotąd algorytmów projektowania biokatalizatorów. W rozdziale drugim zaprezentowane są podstawy przyjętej metodologii, tj. metoda różnicowej stabilizacji stanu przejściowego (DTSS) oraz zastosowanie rachunku zaburzeń do wyznaczania energii oddziaływania pomiędzy cząsteczkami. Szczególną uwagę poświęcono oddziaływaniu elektrostatycznemu oraz jego reprezentacji w postaci pól katalitycznych i kumulatywnego atomowego rozwinięcia multipolowego (CAMM). W rozdziale trzecim zaprezentowane są wyniki uzyskane w ramach pracy doktorskiej. Pierwsza sekcja opisuje analizę porównawczą pomiędzy różnymi reprezentacjami oddziaływania elektrostatycznego w kontekście opisu efektów katalitycznych. Pierwsza część sekcji drugiej prezentuje zastosowanie rozwinięcia multipolowego CAMM do szeregu mutantów izomerazy ketosteroidowej (KSI), co stanowiło wstępny test metody jak również jej weryfikację na przykładzie reakcji dwuetapowej. Kolejna podsekcja dotyczy teozymu KE07 oraz rodziny jego mutantów uzyskanych drogą eksperymentów kierunkowanej ewolucji. W ramach modelu wyjaśniono rolę mutacji wprowadzających aminokwasy naładowane, co nie zostało w tak szczegółowy sposób przedstawione w opublikowanych dotychczas pracach; zastosowano także bibliotekę CAMM aminokwasów białkowych, opracowaną w ramach prowadzonych badań. Oba z analizowanych przykładów pokazują bardzo dobrą zgodność modelu z danymi eksperymentalnymi, przez co stanowi on konkurencyjną alternatywę dla powszechnie stosowanych narzędzi. Suplement pracy zawiera w pierwszej kolejności wyprowadzenia i komentarze o znaczeniu edukacyjnym. Znajdują się tam także komentarze i testy przeprowadzone w ramach prób rozbudowania metodologii DTSS, jak również testy biblioteki multipoli CAMM aminokwasów.

Wydawca:

Politechnika Wrocławska

Miejsce wydania:

Data wydania:

Typ zasobu:

rozprawa doktorska

Identyfikator zasobu:

oai:dbc.wroc.pl:127109

Język:

Powiązania:

Politechnika Wrocławska. Wydział Chemiczny

Prawa:

Wszystkie prawa zastrzeżone (Copyright)

Prawa dostępu:

Dla wszystkich w zakresie dozwolonego użytku

Właściciel praw:

Własność autora

Lokalizacja oryginału:

Politechnika Wrocławska

Temat i słowa kluczowe:

projektowanie biokatalizatorów oddziaływania międzycząsteczkowe kumulatywne atomowe rozwinięcie multipolowe

Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:

Data ostatniej modyfikacji:

19 lip 2024

Data dodania obiektu:

19 lip 2024

Liczba wyświetleń treści obiektu:

10

Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:

https://dlibra.kdm.wcss.pl/publication/165738

Wyświetl opis w formacie RDF:

Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:

Nazwa wydania	Data
Metody analizy aktywności katalitycznej i projektowania biokatalizatorów oparte na teorii oddziaływań międzycząsteczkowych	19 lip 2024

Podobne

Badania struktury elektronowej i oddziaływań międzycząsteczkowych w układach molekularnych o znaczeniu biologicznym

Sokalski, Wacław Andrzej Chojnacki, Henryk. Promotor

1976

rozprawa doktorska

Wiadomości Chemiczne

Wiadomości Chemiczne

Wiadomości Chemiczne, Vol. 62, 2008, nr 5-6 (731-732)

Polskie Towarzystwo Chemiczne

2008

czasopismo

Więcej

Styl cytowania:

Chicago ISO690 APA IEEE Harvard

Dane kontaktowe

Adres

Politechnika Wrocławska (Koordynator Konsorcjum DBC)
Biblioteka Politechniki Wrocławskiej
Wybrzeże Wyspiańskiego 27
50-370 Wrocław, Polska

Telefon

(+48) 71-320-38-30
(+48) 71-320-47-50

E-Mail

Odwiedź nas!

https://biblioteka.pwr.edu.pl/

Ta strona wykorzystuje pliki 'cookies'. Więcej informacji